本指部為有效提檔案保管妥善率及檔案管理效能，自成立至今，累計15萬餘件，隨著時代的進步，「檔案」不只是靜態的資料整理，檔案已由傳統的書面紙本轉製成智慧結晶的互動性資訊，為迎合時代趨勢及配合檔案管理法規下，使檔管人員對於妥善保管、典藏及推展檔案知識與價值有所依循，更是本指部檔案管理的一大步。檔案室歷史的紀錄，妥善保存歷史資料才是對歷史負責最具體的象徵，本指部期許透過檔案管理的標準化、專業化與制度化，加速各項檔案管理作業步上正軌。
檔案總類
| 分類號 |
類名 |
| 01 |
軍事庶務 |
| 02 |
主計 |
| 03 |
人事資源 |
| 04 |
軍事情報 |
| 05 |
作戰整備 |
| 06 |
教育訓練 |
| 07 |
通資電 |
| 08 |
後勤資源 |
| 09 |
全動後被 |
| 10 |
軍備營產 |
| 11 |
戰略評估 |
| 12 |
軍事醫務 |
| 13 |
政治作戰 |
| 14 |
督察政風 |
| 15 |
法律事務 |