本聯隊為有效提升檔案保管妥善率及檔案管理效能，結合美軍駐防期間特色，選擇美軍留駐本基地時之獨立建築物，整建為新檔案庫房，自民國71年至今，累積30萬餘件檔案，隨著時代的進步，「檔案」不只是靜態的資料整理，檔案已由傳統的書面紙本轉置成智慧結晶的互動性資訊。為迎合時代趨勢及配合檔案管理法規下，使檔管人員對於妥善保管、典藏及推展檔案知識與價值有所依循，更是本聯隊檔案管理的一大步。檔案是歷史的紀錄，妥善保存歷史資料才是對歷史負責最具體的象徵，本聯隊期許透過檔案管理的標準化、專業化與制度化，加速各項檔案管理作業步上正軌。
文案卷分類目錄表
| 分類號 |
類名 |
案名 |
| 0100 |
總類 |
公共藝術設置業務 |
| 0200 |
主計 |
作戰各項訓練經費
後勤業務維護費 |
| 0300 |
人事 |
軍官職缺甄選業務
士官職缺甄選業務 |
| 0400 |
情報 |
人事情報業務
軍圖整備業務 |
| 0500 |
作戰 |
建築物高度管制業務
民用航空管制業務 |
| 0600 |
教育訓練 |
航空飛行訓練業務
準則發展業務 |
| 0700 |
通信電子資訊 |
通電職缺甄選業務
資訊系統作業 |
| 0800 |
生產補給保養 |
後勤採購行政支援
膳食業務 |
| 0900 |
運輸 |
運輸行政管理業務
車輛管制業務 |
| 1000 |
工程、營產及環境保護 |
營工行政業務
職務官舍管理業務 |
| 1200 |
醫藥衛生 |
醫務行政業務
保健防治業務 |
| 1300 |
政治作戰 |
保防安全業務
軍教安維業務 |
| 1500 |
軍法與訴訟 |
法教管理業務
法令要點宣導業務 |
| 1600 |
兵役及動員 |
眷村重建管理業務
眷村環境管理業務 |
| 1700 |
行政 |
文書例行作業
行政例行業務 |
| 1800 |
史政與編譯 |
史料蒐集及保管業務
聯隊大事日記業務 |
| 1900 |
計畫 |
編制及編裝業務 |