本部為有效提升檔案保管妥善率及檔案管理效能，自成立至今，累積30萬餘件檔案，隨著時代的進步，「檔案」不只是靜態的資料整理，檔案已由傳統的書面紙本轉置成智慧結晶的互動性資訊。為迎合時代趨勢及配合檔案管理法規下，使檔管人員對於妥善保管、典藏及推展檔案知識與價值有所依循，更是本部檔案管理的一大步。檔案是歷史的紀錄，妥善保存歷史資料才是對歷史負責最具體的象徵，本部期許透過檔案管理的標準化、專業化與制度化，加速各項檔案管理作業步上正軌。
檔案總類
| 分類號 |
類名 |
| 0100 |
總類 |
| 0200 |
主計 |
| 0300 |
人事 |
| 0400 |
情報 |
| 0500 |
作戰 |
| 0600 |
教育訓練 |
| 0700 |
通信電子資訊 |
| 0800 |
生產補給保養 |
| 0900 |
運輸 |
| 1000 |
工程、營產及環境保護 |
| 1100 |
江海港阜及水路 |
| 1200 |
醫藥衛生 |
| 1300 |
政治作戰 |
| 1500 |
軍法與訴訟 |
| 1600 |
兵役及動員 |
| 1700 |
行政 |
| 1800 |
史政與編譯 |
| 1900 |
計畫 |