空軍保修指揮部前身係原空軍後勤司令部，因精實案及精進案遂行，配合精減裁撤，後因「精進案」第2階段執行成效檢討政策指導，為有效建構軍種專用後勤督管機制，遂以國防部97年2月1日國略軍編字第0970000125號令成立保修指揮部，以期達「精準後勤」目標。
保指部成立之目的，旨在依循司令部之後勤政策指導，縱向指揮本軍第一、三後勤指揮部等修護、補給後勤體系，藉由審慎規劃及洞察後勤任務推展窒礙，提供協助指導與解決方案；同時橫向協調支援部隊，以交互支援模式，確保各項後勤修、補任務執行順遂，並朝效率後勤之目標邁進。
空軍保修指揮部於民國97年2月1日成立，隸屬司令部部外一級單位編設綜合作業組、修護管理組、補給管理組、整體後勤組、軍械電子組、商維管理組、採購管理組、後勤資訊組及主計組，並依105年10月21日國空後品字第1050006705號令於106年1月1日成立職安組，共計10組，下轄後勤第一指揮部、後勤第三指揮部、料配件總庫。