空軍保修指揮部前身係原空軍後勤司令部，因精實案及精進案遂行，配合精減裁撤，後因「精進案」第2階段執行成效檢討政策指導，為有效建構軍種專用後勤督管機制，遂以國防部97年2月1日國略軍編字第0970000125號令成立保修指揮部，以期達「精準後勤」目標。
空軍保修指揮部隸屬司令部部外一級單位，編設整體後勤組、修護管理組、後勤支援組、軍械電子組、補給管理組及主計組等幕僚單位；另部外下轄空軍第一後勤指揮部、空軍第三後勤指揮部。續依精粹案將後勤支援組銜稱改編為綜合作業組，並新編採購管理組、商維管理組、後勤資訊組；另因應後勤組織調整，將聯勤空用總庫移編至本部下轄成立空軍料配件總庫，負責本軍各項補給包搬儲運任務。
配合國防事業單位應編設職業安全衛生管理專責單位，於106年1月1日新編成職業安全衛生管理組,督管本軍事業單位確遵職業安全衛生管理辦法,落實職業安全衛生管理作為;後續因應防空部組織調整,於110年1月1日裁編職業安全衛生管理組,新編成防空保修組,負責本軍各式防空武器妥善率管制及維持,職業安全衛生管理業務移入修護管理組負責。
空軍保修指揮部成立之目的，旨在依循司令部之後勤政策指導，縱向指揮本軍第一、三後勤指揮部及料配件總庫等修護、補給後勤體系，藉由審慎規劃及洞察後勤任務推展窒礙，提供協助指導與解決方案；同時橫向協調支援部隊，以交互支援模式，確保各項後勤修、補任務執行順遂，並朝效率後勤之目標邁進。