本部於民國48年成軍，68年擴編成「陸軍飛彈指揮部」，負責台海防空任務；民國93年4月1日依國軍精進案指導編成「飛彈司令部」，改隸直屬參謀本部指揮；95年1月1日依國軍精進案第二階段組織調整，將制海、防空部隊移編海、空軍，編成「飛彈司令部」，負責國軍飛彈制壓戰力組建任務；101年2月16日再依國防部精粹案組織調整，以「飛彈司令部」為母體，整併天弓、鷹式及愛國者等中、高空防空飛彈部隊，編成「參謀本部防空飛彈指揮部」，負責制壓作戰、飛彈防禦與聯合防空任務；民國106年3月1日為利飛彈部隊整體發展運用及周延中、長程飛彈部隊與空軍短程防空部隊整合，移編「空軍司令部」，以發揮「早期預警、統一指管、重層攔截、有效防護」聯合防空作戰效能，提升精準打擊之關鍵戰力；於106年9月1日由空軍防空飛彈指揮部和空軍防空砲兵指揮部合併升格為空軍防空暨飛彈指揮部。