對日抗戰勝利後,民國34年10月1日奉第22地區司令部軍字第一號令接收松山機場,成立「空軍松山站」,為本部之前身。
民國36年7月1日,撤銷空軍松山站,改編為「空軍第323供應分隊」,此後單位迭經改編,歷經「空軍第265供應中隊」、「空軍機場勤務中隊」、「空軍松山基地大隊」,直至55年6月1日,始擴編成立「空軍松山基地指揮部」,編配C-47機及C-118機。
民國61年8月1日編配C-54型機7架納入專機中隊執行專機任務。64年5月1日,奉令再接收C-54、U-3飛機各一架,以加強戰備。71年6月23日正式汰除C-54型機七架,並換裝波音727型噴射客機4架以接替空運任務,72年8月1日,本部專機中隊擴編,並更名為專機隊以加強專機任務之執行。77年5月本部專機隊購入BH-1900型機10架及EBH-1900查核機2架,於78年9月30日成軍,接替C-47型機之客運任務,C-47型機於83年7月全部除役,80年9月27日中美號B-720總統座機於零時正式除役,飛至岡山空軍官校軍史館,暫由B-727機接替座機任務;81年1月23日派員於荷蘭換裝新採購之福克50型機,同年5月1日成軍;87年9月28日,B-727型機2722號總統座機奉令除役,飛交清泉崗漢翔公司負責保存,為填補總統座機任務間隙,本軍向美商布里昂公司洽租B-737-400型機乙架,於87年10月1日完成接機,並於同年10月12日執行總統座機任務。
另於88年11月1日依據總部適希1357號令本部「精實案暨換裝編組人力檢討」裁撤本部車輛中隊、基勤中隊、修護中隊、補給中隊、油料分隊,另修編成立修補隊,基勤隊(隊長均編階上校);89年2月7日新購B-737-800型機乙架返國,並於89年3月20日成軍正式執行總統座機任務,而向美商布里昂公司洽租B-737-400型機則於同年4月退租。
本部所編配之飛機,計有B-737-800型機、福克50型機、BH-1900型機,由本部全體空、技勤人員齊心合力,圓滿執行總統座機及各項專機與演訓任務。
FK-50型機

各型飛機展示

升旗典禮

修補隊民營典禮

修補隊民營儀式
