本聯隊於民國43年2月1日奉空軍總司令部（43）治發字379號令於台中市水湳機場成立空軍第六作戰聯隊，直屬空軍總司令部。下轄空軍第廿大隊，配備C-46型空運機，為一輕型空運作戰聯隊，主要任務為空降、空投與空運。
民國47年11月依作戰需要於台南增設C-119型空運機獨立中隊，直屬聯隊部，48年11月奉令移駐屏東基地，原隸屬第三聯隊之第十空運大隊同時改隸屬本聯隊，另C-119型空運機獨立中隊亦由台南移駐屏東基地，更改番號為第二中隊隸屬廿大隊。49年6月聯隊更改番號為空軍第六聯隊，7月奉令增設空運基地中隊，專負各基地空運業務。
民國53年奉令成立東沙基地勤務派遣分隊，58年恆春機勤分隊改隸本聯隊，同年第十、廿大隊、各中隊分別完成換裝C-119型空運機，汰換了原使用之C-46型運輸機。
另基於台灣海峽反潛作戰之重要，於民國55年11月成立反潛中隊，使用S-2A型反潛機。65年4月換裝S-2E型機，同年8月聯隊更改番號為第四三九運兵反潛混合聯隊。68年2月反潛中隊擴編為反潛機大隊，並於81年10月15日開始換裝S-2T機，88年7月1日反潛機大隊移編海軍。
民國73年2月廿大隊裁撤，將廿大隊之二中隊改隸十大隊。於75年7月接收C-130型運輸機12架，由原屬十大隊之101中隊換裝，並成立101運兵機隊直屬聯隊部。
民國84年6月1日成立預警電戰機隊，同時接收E-2T機及C-130HE機，原101運兵機隊改隸十大隊，聯隊番號亦改為第四三九混合聯隊。89年1月1日預警電戰機隊因任務需要擴編為第廿電戰大隊，?提昇本聯隊預警能力另增購E-2K機2架，於95年4月15日由總統陳水扁先生親臨主持成軍典禮。聯隊自成立迄今，一面積極換訓整備一面執行作戰任務，諸如執行大陸地區空投、台海偵巡、本外島空投、空運、國外專機及預警電戰等各項任務，均有卓越績效。
本聯隊自民國43年成立迄今，使用機型計有C-46、C-119、C-123、S-2A、S-2E、S-2T、C-130H、C-130HE、E-2T及E-2K等各型飛機，不論環境如何艱難，全體官兵均本著自立自強，犧牲奉獻，創新求變，奮鬥不懈之精神，發揚本聯隊光榮傳統，勇往邁進繼往開來，共同締造光榮之史實。
石門及寶山水庫上空執行人造雨任務
前總統陳水扁主持翔鷹操演E-2K機成軍典禮
